استقلت كلية الآثار بالفيوم عن كلية الآثار الأم بالقاهرة بقرار رئيس الجمهورية رقم 193 الصادر بتاريخ 27/6/2005 باستقلال فرع كلية الآثار بالفيــــوم، وكان ذلك بعد صدور القرار الجمهوري رقم 84 في 7 مارس 2005 بإنشاء جامعة الفيوم.

وجدير بالذكر أن القيادة السياسية عندما رأت إنشاء فرع لجامعة القاهرة بالفيوم قد وضعت في الاعتبار عوامل كثيرة اقتصادية واجتماعية هذا بالإضافة إلي البعد الحضاري الذي تتميز به الفيوم.

فقد شهدت أرض الفيوم أحداثاً تاريخية بارزة عبر العصور التي مر بها تاريخ مصر، وترك الإنسان المصري علي أرض الفيوم شواهد وإبداعات كثيرة تتمثل في التراث الأثري الذي تزخر به الفيوم والذي يتضمن آثاراً منذ العصور الحجرية القديمة وعصر ما قبل التاريخ وعصر ما قبل الأسرات وأثار مصرية قديمة ويونانية ورومانية ومسيحية وإسلامية.

ويعكس قرار إنشاء كلية الآثار بفرع جامعة القاهرة بالفيوم – ومن ثم كلية الآثار جامعة الفيوم – تعبيراً عن الاهتمام بتراث مصر بوجه عام وبتراث الفيوم بوجه خاص. وتحتضن هذه الكلية الوليدة الجانب الأكاديمي لهذا التراث وكذلك دورها في نشر الوعي الأثري، وإعداد أجيال قادرة علي تحمل عبء العمل الأثري في مصرنا الحبيبة.

ففي السابع والعشرين من شهر أغسطس عام 1994 صدر قرار السيد الأستاذ الدكتور/ رئيس المجلس الأعلى للجامعات رقم 29 بإنشاء كلية الآثار بفرع جامعة القاهرة بالفيوم، وقد بدأت الدراسة اعتبارًا من العام الجامعي 1994/1995 وقد تخرجت حتى الآن أربعة عشر دفعة.

وقد قامت الكلية بإنشاء مركزًا لبحوث وصيانة الآثار كوحدة ذات طابع خاص يتبع كلية الآثار بالفيوم ومقرة كلية الآثار بالفيوم ويكون له الاستقلال في إدارة شئونه المالية والإدارية والفنية ويعمل المركز وفقاً للائحته الأساسية التي اعتمدها مجلس الجامعة المنعقد بتاريخ 29/6/2005م.

وقد تم أيضاً إنشاء مركزا للكمبيوتر والإنترنت بالكلية عبارة عن منحة مقدمة للكلية من وزارة الاتصالات بها 15 حاسبًا آليًا متصل بشبكة إنترنت فائق السرعة وذلك لخدمة العملية التعليمية والبحثية ولخدمة البيئة كذلك.

وفي اطار التعاون العلمي والتكنولوجي بين مصر وايطاليا وبالاشارة إلي برنامج التعاون المصري الإيطالي الثاني للأعوام 2013/2015 والذي تم الاعلان عنه في سبتمبر 2012 . تم تنفيذ وتمويل مشروع بحثي تحت عنوان " أساليب متطورة غير غازية محمولة في التصوير والتحليل الطيفي "ورقمه الكودي 67-12-A2 وذلك بناء علي قرار اللجنة الفنية المشتركة التي عقدت اجتماعها 18/12/2012بمقر وزارة البحث العلمي .

أيضا تم تعديل اللائحة الداخلية لكلية الآثار جامعة الفيوم وفق القرار الوزاري رقم 4995 بتاريخ 26/11/2014 والذي ينص علي أن يًعمل باللائحة الداخلية المرفقة والخاصة بكلية الآثار جامعة الفيوم ( مرحلة البكالريوس ) بنظام الساعات المعتمدة في البرامج الأربعة التالية :
الآثار المصرية القديمة
الآثار الاسلامية
ترميم الآثار
الآثار اليونانية والرومانية

وقد تم بدء الدراسة بالبرامج المشار إليها بكلية الآثار جامعة الفيوم اعتبارا من العام الجامعي 2014/2015
وقد قامت الكلية أيضا بإنشاء مركزًا للمسكوكات الإسلامية مصر واعتماد لائحته المالية والإدارية ( كوحدة ذات طابع خاص) يتبع كلية الآثار بالفيوم ومقرة كلية الآثار بالفيوم ويكون له الاستقلال في إدارة شئونه المالية والإدارية والفنية ويعمل المركز وفقاً للائحته الأساسية التي اعتمدها المجلس الأعلي للجامعات رقم ( 251) المنعقد بتاريخ 17/10/2016.