مع بداية الدراسة بالكلية عام 1976 كان قسم النبات الزراعي هو احد فروع قسم الانتاج النباتي الذي كان يضم عدة تخصصات متميزة مختلفة هي المحاصيل والبساتين والوراثة والنبات الزراعي وذلك بناءاً علي لائحة الكلية الداخلية في ذلك الوقت. وبصدور اللائحة الجديدة للكلية عام 1990 استقلت تلك الفروع حيث تحولت الي اقسام علمية قائمة بذاتها.

ويضم قسم النبات الزراعي حالياً ثلاثة تخصصات علمية هي النبات الزراعي وفسيولوجيا النبات وامراض النبات كما تتبعه شعبة امراض النبات الذي يمنح خريجيها درجة البكالوريوس في العلوم الزراعية تخصص أمراض نبات يضم قسم النبات الزراعي نخبة متميزة من السادة اعضاء هيئة التدريس في تخصصات مخنلفة يعاونهم مجموعة من المدرسين المساعدين والمعيدين الذين يقومون بتدريس المقررات الدراسية في تخصصات النبات الزراعي وفسيولوجيا النبات وامراض النبات لطلاب الكلية سواء في مرحلة البكالوريوس او الدراسات العليا بما في ذلك طلاب بعض الشعب الاخري والتي من بينها شعبة امراض النبات التي يحتضنها القسم بين جوانبه ، موفراً للطلاب الامكانيات اللازمة التي تكفل لهم الحصول علي الحديث من المعلومات التي تساعدهم في المساهمة في زيادة الانتاج ورفع مستوي المعيشة، كما تمنح الجامعة بناءاً علي طلب مجلس الكلية درجة الماجستير والدكتوراه في التخصصات العلمية سابقة الذكر ، والتي تخدم الخطة العلمية للقسم والكلية وكذا التنمية الزراعية بمحافظة الفيوم والوطن بوجه عام ، وينطبق هذا علي المشاريع البحثية التطبيقية التي تنفذ بالقسم والتي تمولها بعض الجهات مثل السوق الاوروبية المشتركة ، صندوق دعم البحوث بمركز البحوث الزراعية وغيرها ، ومن هذه المشاريع:

1. مشروع المكافحة المتكاملة لامراض عباد الشمس
2. مشروع المكافحة المتكاملة لامراض الذبول واعفان الجذور في السمسم
3. مشروع المكافحة المتكاملة لامراض الذبول واعفان الجذور في بعض النباتات الطبية
4. مشروع تقييم مبيدات امراض الخضر في محافظة الفيوم
5. مشروع تقييم مبيدات امراض الفاكهة
6. مشروع النهوض بمحصول بنجر السكر في محافظة الفيوم