- تطوير علاقة مصر بدول حوض النيل علمياً وثقافياً وإجتماعياً وإقتصادياً.

- صقل المعرفة بالشأن الإفريقي بصفة عامة ودول حوض نهر النيل بصفة خاصة.

- إعداد البرامج العلمية المتميزة والبرامج التدريبية المتفردة في المجالات البحثية لدول حوض النيل لتساير أحدث النظريات والتطبيقات العلمية فيما يخص شئون دول النهر.

- إعداد وتكوين الكوادر العلمية المتخصصة في قضايا دول الحوض للنهوض بمستوي الحياة لشعوب دول الحوض.

- زيادة أواصر الصلات بين شعوب دول الحوض وتنمية الشعور بالإنتماء لدول الحوض وأفريقيا.

- تقديم الخدمات العلمية والبحثية والاستشارية والتدريبية لدول الحوض بما يسهم في رفع مستوي البحث العلمي في دول الحوض ونجاح مشروعات التحديث والتنمية.