En 1975, la Faculté de la Pédagogie a été créée, comme une filiale de l'Université du Caire. De plus, la Faculté de l'Agriculture a été créée en 1976 et la Faculté d'Ingénierie en 1981. Aussi, en 1983 le décret républicain, a considéré que la branche de l'université au Fayoum ,est une université indépendante de l'Université du Caire.
Finalement, le rêve de peuple du Fayoum a été réalisé, à travers le décret républicain No(84) de 2005, concernant la création de l'Université du Fayoum. Ensuite, la promulgation du décret présidentiel No(193) de 2005, sur la fondation de la Faculté de Médecine et la Faculté d'Archéologie. Enfin, la nominationdu Pr. Galal Moustafa Said, comme un recteur de l'Université du Fayoum.
Puis les professeurs suivants assument la présidence de l'université : le Prof. Dr. Ahmed Magdi Al Gohari, président de l’université du 2008 au 2011, le Prof. Dr. Magdi Tawfiq Hanna, président par intérim de l’université du 11 /10/ 2021 au 6 /12/2011, le Prof. Dr. Abd El Hamid Abd El Tawab, président de l’université du 2011 au 2014, le Prof. Dr. Khaled Ismail Hamza, président de l'université du 2014 au 2018, le Prof. Dr. Ashraf Abd El Hafeez , président par intérim de l’université du 2018 au 2019 , le Prof . Dr. Mohammed Issa Sayed Ahmed, président par intérim de l’université du 30/07/2019 au 17/09/2019, le Prof. Dr. Ahmed Gaber Chedid, président de l’université du 18 / 9 /2019 au 31 /7/ 2021, le Prof. Dr. Mohammed Saeed Mahmoud Abo Al Ghar , président par intérim de l’université du 31 /7/ 2021 au 1/12/ 2021 et le Prof . Dr. Yasser Magdi Hatata du 2/12/2021 jusqu'à présent.
Facultés de l'université
L'Université du Fayoum se compose de 19 facultés et 2 instituts : la Faculté de Pédagogie, la Faculté d 'Agriculture ,la Faculté d'Ingénierie, la Faculté des Sciences Sociales ,la Faculté de Dar Al- Ulum, la Faculté des Sciences, la Faculté de Tourisme et de l'Hôtellerie , la Faculté d'Education Spécifique, la Faculté d’Archéologie, la Faculté de Médecine, la Faculté des Lettres, la Faculté d’Informatique et d’Information, la Faculté d’éducation de la petite enfance , la Faculté d'études infirmières , la Faculté de Médecine Dentaire, la Faculté de Pharmacie , la Faculté de Droit , la Faculté d'Education Physique , la Faculté d'Al Alsun , en plus l'Institut de recherche et d’études stratégiques du bassin du Nil et l'Institut de soins infirmiers. Aussi, l'université comprend le centre d’éducation intégré.
Installations de l'Université
1- Le campus universitaire (son superficie est de 50 acres) est situé au quartier de l'université, au Fayoum.
2- le nouveau campus universitaire (son superficie est de 100 acres) est dans l'arrondissement du nouveau Fayoum.
3- le bâtiment de l'administration de l'université comprend le bureau du recteur et des vice-recteurs de l'université.
4 -La grande salle des fêtes est équipée de périphériques audio, d'éclairage et d'une climatisation centralisée.
5 les cités universitaires accueillent(4500) étudiants et étudiantes. Aussi, elles réalisent la plus grande proportion d'accueillir les étudiants universitaires, entre les universités égyptiennes.
6- L'imprimerie centrale, le restaurant central et l'administration médicale.
- Le centre de l’Université du Fayoum pour la formation régionale est situé sur les rives du lac Qarun. Il comprend le centre d’études environnementales et géologiques, le centre d’orientation touristique, une station de surveillance environnementale, une station de mesure et un club social.
- Le Centre d’activités des étudiants comprend des stades et une piscine.
- Le Center de lutte contre les épidémies est le premier du genre au niveau des universités égyptiennes, et se consacre à la recherche appliquée locale et internationale, en coopération avec des organisations de premier plan dans la lutte contre les épidémies.
- Branche de l'Université Egyptienne pour l'apprentissage en ligne à l'Université du Fayoum, il comprend deux programmes : l'informatique et la technologie de l’information et le programme de gestion d’entreprise.
- Le centre de remise en forme et de réadaptation motrice comprend: un département de réadaptation motrice et d’hospitalisation équipé des derniers équipements (sauna, jacuzzi, et 2 bassins d’hydrothérapie).
Vision de l'avenir pour l'Université
1- La création des nouvelles facultés : la Faculté d'Education Physique et la Faculté les Sciences Médicales
2- Utilisation de la terre de l'université sur le lac de Qaron, pour mettre en place des structures, qui servent le secteur du tourisme et d'enseignement au Fayoum.
3- Planification de l'emplacement général de l'agrandissement de l'université à l'avenir, au nouveau campus de l'Université,