يتبنى مركز ضمان الجودة والتخطيط الإستراتيجي مجموعة من الأهداف الإستراتيجية تتوافق مع الأهداف الإستراتيجية للجامعة، وقيم وأهداف الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد؛ حيث يختص المركز بتحقيق الأهداف الآتية:
1- تأهيل جامعة الفيوم للحصول على الاعتماد من الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد من خلال بناء قدرتها المؤسسية، ومتابعة أداء فاعلية برامجها التعليمية.
2- وضع الخطة الإستراتيجية للجامعة ومتابعة تنفيذها.
3- تطبيق المعايير الأكاديمية المرجعية القومية في البرامج التعليمية التي تقدمها كليات الجامعة كافة.
4- مد يد العون نحو إنشاء وحدات ضمان الجودة بالكليات، وتقديم الدعم الفني لها، ودعم نظم ضمان الجودة والاعتماد بها بما يتلاءم مع المتطلبات الداخلية لكليات الجامعة ومعاهدها.
5- بناء القدرات البشرية بالكليات وتعزيزها فيما يتصل بمجال التقويم الذاتي وضمان الجودة والاعتماد من خلال التدريب، والدعم الفني المستمر لإعداد الكوادر المتميزة.
6- دعم القدرات الذاتية لكليات الجامعة من أجل التطبيق الأمثل لنظم التقويم الذاتي طبقًا لمعايير الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والاعتماد، وتأهيلها للاعتماد.
7- تعزيز ثقة المجتمع على المستوى المحلي، والإقليمي، والدولي في خدمات ومخرجات أنشطة كليات ومعاهد الجامعة.
8- تطبيق وسائل وآليات القياس والتقييم الملائمة وتطويرها، وإعداد الدراسات والتقارير الدورية المتعلقة بضمان الجودة الأكاديمية والمؤسسية.
9- التشخيص الكامل لمعوقات تطوير الأداء على المستوى الجامعي، وتقديم التوصيات لإدارة الجامعة فيما يختص بسياسات التطوير المستمر، وبرامج ضمان وإدارة الجودة الأكاديمية، ومتابعة تطبيقها.
10- التعاون مع المراكز والهيئات والمنظمات ذات الصلة بضمان الجودة والاعتماد على مختلف المستويات: المحلي، والإقليمي، والدولي.