الهدف الرئيسي لجامعة الطفل هو بناء عقول الأطفال المصريين من خلال تعزيز اهتمامهم بالعلوم مع التركيز بشكل خاص على أهمية البحث العلمي وتنمية المهارات العلمية وينبثق منها عدة اهداف :
- اكتشاف المبتكرين والمبدعين في مراحل مبكرة من التعليم .
- تنمية قدرات الاطفال وصقل مواهبهم .
- إعداد الأطفال قادرة على مواجهة التحديات المستقبلية
- تغذية شغف الأطفال مدى الحياة بالتعلم
- تعزيز احترام الأطفال لذاتهم وثقتهم بأنفسهم
- مساعدة الأطفال على تحديد أهدافهم المستقبلية والتركيز عليها وتحقيقها
- توفير بيئة تعليمية إبداعية ومبتكرة وخارجه
- ضمان حصول كل طفل ، بغض النظر عن خلفيته الاجتماعية ، على أنشطة تعليمية عالية الجودة .
- دعم التعليم القائم على العلوم والتكنولوجيا والهندسة والرياضيات في مصر
- تعزيز الروابط بين الأطفال وجامعاتهم المجاورة