La Faculté d'Archéologie du Fayoum a obtenu de l'indépendance de la Faculté d'Archéologie du Caire,en vertu du décret présidentiel n ° 193 du 27 juin en 2005, après le décret présidentiel n ° 84 du 7 mars en 2005, concernant la création de l'Université de Fayoum.Aussi, la création de la Faculté d'Archéologie filiale de l'Université du Caire était pour de nombreux facteurs (économiques et sociaux).

Le Fayoum a connu des événements historiques importants, tout au long des siècles dans l'histoire d'Égypte. L'homme égyptien a laissé, sur la terre du Fayoum, des signes et des créations comme : le patrimoine archéologique (des préhistoriques, des monuments égyptiens, des monuments grecs, des monuments romains, des monuments chrétiens et des monuments islamiques).

La décision de la fondation de la Faculté d'Archéologie filiale de l'Université du Caire, puis la Faculté d'Archéologie – Université de Fayoum, reflète l'intérêt pour le patrimoine de l'Égypte en général et du patrimoine de Fayoum en particulier. Cette faculté englobe l’aspect académique de cet héritage, ainsi que son rôle dans la diffusion de la conscience archéologique.

Le 27 août 1994, le président du Conseil supérieur des universités a publié un décret concernant la création de la Faculté d'Archéologie,filiale de l'université du Caire au Fayoum, à compter de l'année universitaire 1994/1995.

La Faculté a créé un centre de recherche et de conservation des monuments, en tant qu’une unité spéciale de la Faculté d’Archéologie du Fayoum. Aussi, elle a fondé un centre informatique, pour servir le processus de recherche et d’éducation et l’environnement. Le Collège a également établi un centre pour les pièces de monnaie islamiques en Égypte (en tant qu'une unité de nature spéciale).

Et dans le cadre de la coopération scientifique et technologique entre l'Égypte et l'Italie, en référence au programme de coopération italo-égyptien annoncé en septembre 2012; un projet de recherche intitulé "Méthodes avancées non invasives en imagerie et analyse spectrale", son numéro de code 67-12-A2, a été mis en œuvre et financé conformément à la décision du comité technique, tenu le 18/12/2012, au siège du ministère de la recherche scientifique.

Le règlement intérieur de la Faculté d'Archéologie de l'Université de Fayoum a également été modifié,conformément à la décision ministérielle n ° 4995 du 26/11/2014, c’est-à-dire que l'application du système d'heures de crédit (Baccalauréat), dans les quatre programmes suivants :
- Anciens monuments égyptiens
- Monuments islamiques
- Restauration des monuments
- Monuments grecques et romaines

L'étude a commencé dans la Faculté d'Archéologie de l'Université de Fayoum ,aux ces programmes , à partir de l'année universitaire 2014-2015.