في إطار البرنامج القومي لتحديث الدولة تأتي مشروعات تطوير التعليم العالي بمصر والتي تبناها وأقرها المؤتمر القومي لتطوير التعليم العالي (2001).  وتقوم حالياً وزارة التعليم العالي بتنفيذ ستة مشروعات قومية هي الأهم في أولوياتها والأبرز في إسهاماتها في تطوير وتحديث منظومة التعليم العالي بمصر. وهذه المشروعات هى :

1- المركز الدولي المعتمد لتنمية قدرات أعضاء هيئة التدريس والقيادات بجامعة الفيوم .

2- مشروع تطوير كليات التربية .

3- مشروع تكنولوجيا المعلومات والاتصالات .

4- مشروع تطوير الكليات التكنولوجية .

5- مشروع توكيد الجودة والاعتماد .

6- صندوق خدمة مشروعات تطوير التعليم العالي .

وقد تم إنشاء وحدة لإدارة مشروعات التطوير بوزارة التعليم العالي تقوم بالتخطيط والتنسيق والمتابعة لأنشطة التطوير في المشروعات المختلفة التي تتناول أهم المحاور في عملية التطوير المستمر، وكذلك قامت كل جامعة بتكوين وحدة لإدارة مشروعات التطوير على أن تكون هذه الوحدة ضمن الهيكل  التنظيمي للجامعة وتتبع الإدارة العليا للجامعة