تركزت أهداف المعمل على خدمة العملية التعليمية والبحثية فى شتى المجالات عامة وملوثات البيئة البيئة والغذاء خاصة.والتى تتلخص فيما يلى:
1- الحفاظ على صحة الانسان المصري من خلال إجراء البحوث المتخصصة فى مجال الملوثات البيئية والمواد الغذائية.
2- خدمة المصدرين لزيادة الصادرات الغذائية والزراعية المصرية. وذلك من خلال تقدير الآثار المتبقية من الكيماويات الزراعية وكذلك السموم الناتجة من سوء التخزين فى الأغذية أو النباتات الطبية والعطرية التي تستهلك في الداخل وتلك المعدة للتصدير للخارج.
3- خدمة المستوردين بمراقبة المنتجات التى يقومون باستيرادها ومراقبة اى ملوثات بها.
4- حماية البيئة المصرية من التلوث وعلاج الملوث منها.