تتولي وكالة الدراسات العليا بمعهد البحوث والدراسات الاستراتيجية لدول حوض النيل والبحث العلمي مهمة تعزيز الدراسات العليا وتطويرها، وتنمية الأبحاث العلمية وتطويرها كما أنها المسؤولة عن الإشراف على برامج الدراسات العليا والبحث العلمي داخل المعهد وتشمل مهامها تطوير السياسات الأكاديمية، دعم الأنشطة البحثية، الإشراف على شئون أعضاء هيئة التدريس والدارسين والوافدين، وتوفير بيئة محفزة للابتكار تلعب الوكالة دورًا أساسيًا في رفع مستوى البحث العلمي وتعزيز مكانة المعهد والجامعة