Pour répondre au souhait des citoyens de Fayoum et des dirigeants politiques et populaires au Fayoum. Et les circonstances d'irrigation et de drainage dans le gouvernement causent la propagation des maladies comme : la schistosomiase , les maladies rénales , les maladies du foie , les maladies de l'appareil urinaire , gastroentérologie et les fièvres .
En 30/03/1994, le conseil de l’Université du Caire a approuvé la création d’une filiale de la Faculté de Médecine de l’Université du Caire au Fayoum. Après la notification du conseil suprême des universités – le comité du secteur des études de médecine, le comité des membres a été constitué , pour évaluer le projet de la fondation d'une filiale pour la Faculté de Médecine – Université du Caire au Fayoum. Le comité a accepté, lors de sa réunion en 9/2/1995, de la proposition de la création de la faculté. Aussi, le conseil suprême des universités a approuvé, lors de sa session en 7/5/1995, la création d'une filiale de la Faculté de Médecine de Qasr al-Aini , dans la filiale de l'université au Fayoum . Donc, l’étude a débuté dans la faculté à partir de l’année universitaire 1995/1996, de manière temporaire à la Faculté de Médecine de Qasr al-Aini, par le bureau de coordination et de manière indépendante. En vue de l'achèvement des attributs du début d'étude dans la faculté au Fayoum, l'ancien président de l'Université du Caire, a approuvé le début de l'étude au siège du collège, à partir du début du deuxième semestre de février. Où les étudiants de la première et la deuxième année ont été suivis leurs études. Le conseil de l'Université du Caire a approuvé l'indépendance de la branche de faculté du Fayoum, en 31/7/1996. Aussi, le sujet a été soumis au Conseil suprême des universités. Aussi, le comité du secteur des études médicales a accepté de l'indépendance de la faculté, en 31/10/1996 .De plus, l'ancien gouverneur du Fayoum a décidé de consacrer l'hôpital (Nafisa Al Hosary) , pour être un hôpital universitaire en 6/4/1998. Le Pr. Galal Mostafa Said, président de l'université de Fayoum, a donné des directives pour réhabiliter le bâtiment de la salle d'examen (extension de la Faculté d'Ingénierie), pour être un hôpital universitaire, comme phase transitoire, jusqu'à l'achèvement du nouvel hôpital universitaire.