استجابة لرغبة مواطنى الفيوم وقياداتهم الشعبية والسياسية ونظرا لانتشار الأمراض بالمحافظة نتيجة لظروف الرى والصرف بها ومن أبرزها البلهارسيا وأمراض الفشل الكلوى والكبدى وأمراض المسالك البولية والجهاز الهضمى والحمــيات .
فقد وافق مجلس جامعة القاهــرة فى 30/3/1994م على انشاء فرع لكلية طب قصر العينى بفرع جامعة القاهرة بالفيوم وفور اخطار المجلس الأعلى للجامعات – لجنة قطاع الدراسات الطبية تم تشكيل لجنة من السادة أعضاء لجنة القطاع لتقييم مشروع انشاء فرع لكلية طب جامعة القاهرة بالفيوم حيث قامت اللجنة بزيارة محافظة الفيوم فى 17/2/1994م وتفقدت مستشفيات الفيوم وأوصت بالاستعانة بمستشفى الفيوم العام والمستشفيات النوعية التابعة له ليكون مستشفى تعليمى للكلية.
ووافقت اللجنة بجلستها فى 9/2/1995م على اقتراح انشاء الكلية كما وافق المجلس الأعلى للجامعات بجلسته فى 7/5/1995م على :
- انشاء فرع لكلية طب قصر العينى بفرع الجامعة بالفيوم . بدء الدراسة بهذا الفرع فى العام الجامعى 95/1996م بقبول (50) طالب وطالبة على أن تبدأ دراستهم بصفة مؤقتة بكلية طب قصر العينى بجامعة القاهرة لحين استكمال المنشآت الخاصة بفرع كلية الطب جامعة القاهرة بالفيوم.
وعليه فقد بدأت الدراسة بالكلية اعتبارا من العام الجامعى 95/1996م بصفة مؤقتة بكلية طب قصر العينى وعن طريق مكتب التنسيق وبطابع مستقل. نظرا لاستكمال مقــومات بدء الدراسة بالكلية بالفيــوم فقد وافق السيد ا.د/ رئيس جامعة القاهرة السابق فى 25/9/1997م على بدء الدراسة بمقر الكلية اعتبارا من بداية الفصل الدراسى الثانى فى فبراير حيث انتظم فى الدراسة طلاب الفرقتين الأولى والثانية وغالبيتهم من أبناء محافظة الفيــوم وترك طلاب الفرقة الثالثة لاستكمال دراستهم بكلية طب قصر العينى لحين تدبير مستشــفى تعليمى للكلية بالفيوم .
وافق مجلس جامعة القاهرة فى 31/7/1996م على استقلال فرع الكلية بالفيوم ليصبح كلية طب الفيوم وتم احالة الموضوع الى المجلس الأعلى للجامعات حيث وافقت عليه لجنة قطاع الدراسات الطبية فى 31/10/1996م لتوافر المقومات التالية :-
- تفضل السيد اللواء / محافظ الفيوم السابق بتخصيص مستشفى ( نفيسة الحصرى ) ليكون مستشفى تعليمى جامعى فى 6/4/1998م وتم اجراء التعديلات المطلوبة لتحويلة من مستشفى جامعى بطاقة (80) سرير وافتتح فى 24/3/1999م 0
- وقد تفضل السيد ا.د/ وزير الصحة الأسبق باصدار قراريه رقمى (20 ، 73 ) لسنة 1998م والذى بمقتضاهما يمكن لكلية الطب بالفيوم استغلال جميع المستشفيات بمحافظة الفيوم فى التدريس والتدريب لطلاب الكلية وأطبائها كما تم توقيع اتفاقية مع وزارة الصحة تسمح لطلاب الكلية وأطبائها بالتدريب وتلقى الدروس العلمية بكافة مستشفيات وزارة الصحة بالفيوم . . تم تحويل مبنى فرع الجامعة القديم ليكون مستشفى جامعى بطاقة (60) سرير واطلق عليه اسم مستشفى الفرع التعليــمى ولاعتبارات هندسية تم اخــلاء هذا المبنى وتم دمج التخصصات الاكلينيكية المختلفة بمستشفى نفيسة الحصرى الجامعى .
- وقد أصدر السيد ا.د/ جلال مصطفى سعيد – رئيس جامعة الفيوم توجيهاته باعادة تأهيل مبنى صالة الامتحانات ( ملحق كلية الهندسة ) ليكون مستشفى جامعى كمرحلة انتقالية الى أن يتم تجهيز المستشفى الجامعى الجدي