يُعد قسم وقاية النبات من أقدم الأقسام العلمية في كلية الزراعة، حيث تأسس مع نشأة الكلية في عام 1976م،ويضم القسمثلاثة أفرع أساسية هي؛ الحيوان الزراعي، الحشرات الاقتصادية والمبيدات.بدأت الداراسات العليا بالقسم في العام الجامعي 1981/1982م لمنح درجتي الماجستير والدكتوراه في العلوم الزراعية في تخصص وقاية النبات، وقد قام القسم منذ إنشائه بنشاط كبير في هذا المجال،ومنح أول رسالة ماجستير (مبيدات) في 12/8/1989م للدارس/ إبراهيم حامد حسين، وأول رسالة دكتوراه (حشرات اقتصادية) في 9/5/1988م للدارسة/ سهام سيد محمد الجندي، بينما تخرجت أول دفعة بكالوريوس (شعبة وقاية النبات) في العام الجامعي 1986/1987م. تولي رئاسة مجلس القسم لأول مرة أ.د/ مكرم عزيز حنا، ثم أ.د/ علي حسنين الهميسي (رحمه الله)، ثم أ.د/ محمد حسين عبد اللاه (رحمه الله)، ثم أ.د/ أحمد عزمي عتمان، ثم أ.د/ فاروق فتحي محمد مصطفي (رحمه الله)، ثم أ.د/ سناء أبو سريع هارون، ثم أ.د/ حلمي عبده غنيمي، ثم أ.د/ فاطمة محمد إبراهيم حماد، ثم أ.د/ إبراهيم حامد حسين، ثم أ.د/ نارمين أحمد يوسف.وحالياً،يرأس القسم أ.د/ أيمن أحمد عويس منذ 19/9/ 2020ماإلى الآن.
يقدم القسم برنامجاً بنظام الساعات المعتمدة لمرحلة البكالوريوس مشتركاً مع تخصص أمراض النبات بقسم النبات الزراعي.كما يمنح القسم دبلوم الدراسات العليا في النحل والحرير.
يمتاز القسم بإمكاناته المتعددة من قاعات ومعامل لمرحلة البكالوريوس،فضلاً عن معامل بحثية لأعضاء هيئة التدريس مزودة بأجهزة حديثة، ويشارك القسم في العديد من المشاريع والدراسات البحثية القوميةوالدولية.ويقوم القسم بعقد دورات تدريبية في مجالات التخصص المختلفةللدارسين من داخل القسم وخارجه، ويتبني القسم التدريب التطبيقي والميداني والتعلم المستمر في مجال وقاية النبات، كما يقدم، كبيت خبرة، المشورة العلمية والفنية التي تسهم في تنمية بيئة ومجتمع محافظة الفيوم.هناك مجالات عديدة لعمل خريج وقاية النبات منها؛ معيد بالقسم، باحث بمركز البحوث الزراعية، وزارة الزراعة، أكاديمية البحث العلمي والتكنولوجيا، المركز القومي للبحوث، وزارة التعليم، شركات المبيدات، والمشروعات الزراعية الخاصة.
